Reprenant où la série s'était arrêtée lors de son éblouissant dernier épisode à suspense, « Warehouse 13 » démarre avec la révélation choquante que l'esprit revanchard d'Artie a non seulement infecté toute l'équipe, mais le monde entier avec l'artéfact de l'Orchidée noire. Si Pete, Myka, Claudia et Steve ne parviennent pas à contenir les dégâts sous 24 heures, le monde devra faire face à une pandémie comme on n'en a jamais connu depuis le Moyen-Âge.
