Huit ans après la débâcle d'InGen, alan Grant (Sam Neill), la célèbre paléontologue peine à trouver les fonds nécessaires pour financer ses recherches sur les dinosaures. Un riche aventurier, Paul Kirby (William H.Macy)et sa femme, Amanda (Téa Leoni), se disent prêt à financer ses travaux après qu'il les aura accompagné dans leur tournée aérienne au dessus du nouveau site d'InGen: Isla Sorna. Grant flaire une entourloupe sitôt que l'avion amorce sa descente sur l'île. Lorsqu'un accident survient avec une créature géante, surgie de la forêt, Grant découvre que le but réel des Kirby est de tenter de retrouver leur fils de 14 ans, Eric (Trevor Morgan), disparu quelques jours plus tôt dans cette jungle peuplée de dinosaures.
