Le village caché de Konoha du pays du Feu subit une attaque aérienne soudaine! Le cauchemar des Grandes Guerres Ninjas ressuscite... En apprenant que leur village est menacé, Naruto et les ninjas de Konoha entrent en action! Sasuke, qui a quitté Konoha pour se venger de son frère aîné Itachi, réapparaît à nouveau face à Naruto. Cet ancien compagnon est-il finalement un allié ou un ennemi? Une histoire de « liens » commence, où chaque ninja met en jeu ses propres convictions...
