Phinéas et Ferb découvrent que leur ornithorynque domestique bien aimé, Perry, est en réalité un agent secret. C’est alors qu’ils l’accompagnent dans une grande aventure à travers une autre dimension où un clone du méchant Dr. Doofenshmirtz, Doof, a pris le contrôle d’une région. Pendant ce temps, Candice est convaincue que l’heure est venue de laisser ses manières enfantines derrière elle, pour ne pas perdre son cher et tendre Jérémy, qui se prépare pour l’université.
