Une cité géante, privée de lumière naturelle. John Murdoch, victime une nouvelle fois d'un étrange malaise, reprend péniblement ses esprits, pour découvrir à ses côtés le cadavre horriblement mutilé d'une jeune femme. Amnésique, il ne sait pas s'il est l'auteur de ce crime. Grâce à ses papiers, il retrouve son épouse, Emma, tandis qu'un mystérieux docteur Schreber le recherche activement. Murdoch apprend bientôt que des êtres étranges manipulent et transforment la réalité à leur guise. Schreber est contraint de travailler pour eux. Murdoch a, quant à lui, acquis les pouvoirs de ces êtres venus d'ailleurs, ce qui lui permet de contrecarrer leurs plans...
