De la découverte d’un fossile de Mew, le Pokémon fabuleux, les chercheurs font naître une création contraire aux lois de la nature : Mewtwo, un Pokémon légendaire créé pour devenir un instrument de destruction. Lorsque Mewtwo prend conscience de son existence, il développe une haine à l’encontre de ses créateurs, les humains, et cherche vengeance. Sacha, Pikachu et leurs amis sont pris dans cette tourmente. Le futur du monde Pokémon est en jeu. Nos héros réussiront-ils à relever le défi de Mewtwo... Et Mewtwo trouvera-t-il un nouveau sens à sa vie ?
