Michelangelo, Donatello, Leonardo, et Raphael sont de retour pour combattre des méchants encore plus méchants aux côté d'April O’Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) et d'un nouveau venu : le justicier au masque de hockey Casey Jones (Stephen Amell). Le super-méchant Shredder s'évade et s'allie avec le savant fou Baxter Stockman (Tyler Perry) et deux sbires bêtes comme leurs pieds, Bebop (Gary Anthony Williams) et Rocksteady (Superstar de la WWE Stephen “Sheamus” Farrelly), pour conquérir le monde. Tandis que les Tortues se préparent à attaquer Shredder et sa nouvelle bande, ils se retrouvent face à un méchant plus terrible qui a les mêmes intentions : le célèbre Krang.
