Apocalypse, le tout premier mutant, immortel et invincible, se réveille après un sommeil de plusieurs milliers d'années. Désillusionné par le monde qu'il découvre, il réunit de puissants mutants pour nettoyer l'humanité et régner sur un nouvel ordre. Raven et Professeur X vont joindre leurs forces pour affronter leur plus dangereux ennemi et tenter de sauver l'humanité d'une destruction totale.