Giratina est le seul Pokémon habitant dans le Monde Inversé. En colère suite à la fissure spatio-temporelle provoquée par Palkia et Dialga, il attire Dialga dans ce royaume pour l'affronter, mais le combat est arrêté par un petit Shaymin, le Pokémon Gratitude. Épuisé, Shaymin quitte le Monde Inversé et demande à Sacha et ses amis de l'aider dans son voyage. Nos héros acceptent et pénètrent dans le Monde Inversé, où ils rencontrent Newton Graceland. Zéro, son ancien assistant, cherche à s'emparer du pouvoir de Giratina pour contrôler le Monde Inversé, même si cela entraîne la destruction du monde réel ! Nos héros pourront-ils contrecarrer ses plans maléfiques et protéger les deux mondes ? Giratina pourra-t-il résoudre son différend avec Dialga ? Et qu'apprendront Sacha et ses amis sur ce Shaymin ?
