L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l’un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi.