Tout commence par une légende que se transmet le Peuple des Mers. Un Temple des Mers créé par le Peuple des Mers existe quelque part dans le monde. Ce temple, qui renferme un trésor appelé Couronne des Mers, est protégé par un mécanisme secret. Il dérive sur un vaste océan, discret, patient, caché. Sacha et Pikachu, ainsi que leurs amis Flora, Max et Pierre, font la connaissance de Lizabeth, une descendante du Peuple des Mers, qui leur raconte cette légende. Ils rencontrent également Jackie, un Pokémon Ranger dont la mission secrète est de protéger un Œuf de Manaphy, et trouver le Temple des Mers. Lors de cette mission capitale, Jackie est attaqué par un pirate qui se fait appeler Fantôme. Le plan du Fantôme est d'obtenir la Couronne des Mers et de diriger le monde, mais pour cela il a besoin de l'Œuf de Manaphy. Lizabeth et Sacha doivent maintenant aider Jackie à protéger l'Œuf, et mettre fin aux agissements coupables du pirate ! Qu'est-ce que la Couronne des Mers? Quel est le rapport entre Manaphy, le Pokémon fabuleux connu comme le Prince des Mers, et le Temple des Mers? Sacha pourra-t-il aider Jackie à finir sa mission?
